„Armia cieni” jest książką wielopiętrową. Dziewięćdziesięcioletni Piotr Nałęcz, weteran Powstania Warszawskiego, zmagań z Komuną, Postkomuną, miłością, samotnością i swoimi słabościami, wspomina w dniu urodzin niesamowite wydarzenia, jakich był świadkiem, swoich bliskich, przyjaciół i wrogów. Wszyscy oni przenieśli się już na tamten świat, ale w jego pamięci są wciąż żywi i aktywni. Dzięki ich głosom bohater próbuje zrozumieć swój los, Polskę i Boga, wiarę w którego boleśnie utracił. Ta wiara wydaje mu się kluczowym problemem czasów i miejsca, w jakich mu przyszło żyć. Znajomość z wielkimi przywódcami Kościoła i z tymi, którzy mu się sprzeniewierzyli, zmusza go do rachunku nie tylko swojego sumienia, ale też tych bliźnich, którzy ofiarowali Bogu swój los i mimo wiary nie uzyskali odpowiedzi na najważniejsze pytania.
Powieść staje się labiryntem pytań bez odpowiedzi. W ich poszukiwaniu Piotr Nałęcz decyduje się opisać losy swego przyjaciela, jakim stał się dla niego jeden z najwierniejszych synów Kościoła, szlachetnego i cierpiącego z powodu wielu wątpliwości księdza Karola. Jego życie i śmierć stają się drugim filarem powieści, a zawarte w historii księdza zapisy losów kolejnych bohaterów dają szansę wsłuchania się w ich niekończącą się dyskusję z Bogiem i domagania się od niego znaku dającego pewność, że istnieje. Takich bohaterów jest w tej opowieści bardzo wielu. Część z nich to postacie historyczne, znane, kochane, a czasem znienawidzone. Część to osoby fikcyjne, ale różnica między nimi zaciera się w świadomości narratora, który traktuje je wszystkie jako naznaczone wspólnym losem narodu doświadczonego przez Boga czy Historię nazbyt okrutnie.